鏈霉親和素磁珠研究蛋白質(zhì)-RNA或蛋白質(zhì)-DNA相互作用
蛋白質(zhì)與RNA的相互作用是許多細(xì)胞功能的核心，如蛋白質(zhì)合成、mRNA組裝、病毒復(fù)制、細(xì)胞發(fā)育調(diào)控等。了解它們之間相互作用的分子機(jī)制對理解這些生物學(xué)過程非常重要。然而，之前的分析方法往往受限于使用放射性標(biāo)記，或?qū)嶒?yàn)步驟過多，不僅耗時(shí)費(fèi)力，也增加了實(shí)驗(yàn)結(jié)果的不穩(wěn)定。
近日，普睿邁格生物科技有限公司推出了一款PuriMag G-streptavidin磁珠，讓研究人員能夠以末端標(biāo)記的RNA/DNA作為誘餌，輕松富集蛋白質(zhì)-RNA或蛋白質(zhì)-DNA的相互作用。
利用脫硫生物素末端標(biāo)記的RNA/DNA和鏈霉親和素磁珠來高效富集RNA/DNA結(jié)合蛋白（RBP/DBP）。與抗體捕獲相比，這種方法的優(yōu)勢在于脫硫生物素化的目標(biāo)RNA能夠直接富集RBP/DBP（或復(fù)合物）。適用于標(biāo)記和pull-down分析，也與多個(gè)下游應(yīng)用兼容，如Western blotting和質(zhì)譜（MS）。
RBP/DBP的富集過程經(jīng)過優(yōu)化，相當(dāng)簡單。首先將RNA與鏈霉親和素磁珠結(jié)合。之后在蛋白質(zhì)-RNA結(jié)合緩沖液中平衡RNA結(jié)合的磁珠，再加入蛋白裂解液。隨后添加適當(dāng)?shù)木彌_液、渦旋振蕩，并在磁力架上分離，洗滌磁珠。最后樣品可通過非變性的生物素洗脫緩沖液或SDS-PAGE上樣緩沖液洗脫，用于下游分析。
PuriMag G-streptavidin磁珠pull down的特點(diǎn)在于：
? 直接：直接利用末端標(biāo)記的RNA/DNA捕獲核糖核蛋白復(fù)合物；不需要使用抗體進(jìn)行pull-down
? 簡單：RBP/DBP富集過程無需離心；在RNA/DNA標(biāo)記反應(yīng)后操作小于3小時(shí)
? 靈活：使用不同長度的體外轉(zhuǎn)錄RNA或合成RNA/DNA進(jìn)行標(biāo)記；可成功富集內(nèi)源、過表達(dá)和體外翻譯的裂解液中的蛋白
? 特異：磁珠背景低；未處理的RNA或突變RNA不會明顯富集特定的RBP
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